Την υπ’αριθμόν 982/2012 απόφασή της εξέδωσε η Ολομέλεια του Συμβουλίου της Επικρατείας, κρίνοντας ότι δεν υπάρχει αντίθεση της ρύθμισης του άρθρου 8 παρ. 1 ν.3549/2007 με το άρθρο 16 παρ. 5 του Συντάγματος. Με τον συγκεκριμένο νόμο καθιερώθηκε ένα πιο ανοιχτό οργανωτικό σχήμα για τη διοίκηση των ΑΕΙ, ενώ με την διάταξη του άρθρου 8 παρ.1 τροποποιήθηκε το σύστημα εκλογής των πρυτανικών αρχών, ώστε η εκλογή να γίνεται με άμεση και καθολική ψηφοφορία από ειδικό εκλεκτορικό σώμα.
Κατ’ αρχήν το ΣτΕ επανέλαβε την θέση ότι η αμφισβήτηση του κύρους εκλογής πρυτανικών αρχών ΑΕΙ εμπίπτει στην ακυρωτική του αρμοδιότητα, ενώ η σχετική διαφορά είναι ακυρωτική, ακόμη και μετά το νέο νόμο του 2007, ο οποίος επέφερε αλλαγές σε οργανωτικά ζητήματα. Την αίτηση ακύρωσης ενώπιον αυτού είχαν ασκήσει εκλογικοί συνδυασμοί που δεν εξελέγησαν στις πρυτανικές εκλογές. Οι προσφεύγοντες ισχυρίζονταν αντίθεση του άρθρου 8 παρ.1 ν.3549/2007 με το άρθρο 16 παρ.5 του Συντάγματος, στο βαθμό που προβλέπεται συμμετοχή του διοικητικού προσωπικού στο εκλεκτορικό σώμα για την ανάδειξη πρυτάνεων και αντιπρυτάνεων. Σύμφωνα με την εν λόγω διάταξη το διοικητικό προσωπικό συμμετέχει στις πρυτανικές εκλογές όχι ως ιδιαίτερη ομάδα εκλεκτόρων, αλλά περιλαμβάνεται στην ενιαία ομάδα εκλεκτόρων, μαζί με άλλες κατηγορίες προσωπικού του πανεπιστημίου, δηλαδή βοηθούς, επιστημονικούς συνεργάτες και επιμελητές, μέλη ΕΕΔΙΠ και ΕΤΕΠ.
Κρίνοντας επί της υπόθεσης, το ΣτΕ διέγνωσε ότι δεν υπήρχε αντισυνταγματικότητα, ούτε προσβάλλονταν οι αρχές διοικητικής αυτοτέλειας και ακαδημαϊκής ελευθερίας λόγω της συμμετοχής του διοικητικού προσωπικού στις πρυτανικές εκλογές. Αυτό διότι οι πρυτανικές εκλογές έχουν πρωτίστως διοικητικό χαρακτήρα, δεδομένου ότι ο πρύτανης και οι αντιπρυτάνεις ως κορυφαία μονοπρόσωπα όργανα διοίκησης των πανεπιστημίων ασκούν κυρίως διοικητικής φύσεων αρμοδιότητες. Συνεπώς, είναι νόμιμη η συμμετοχή του διοικητικού προσωπικού σε ενιαία ομάδα εκλεκτόρων. Υπήρξε πάντως αξιοπρόσεκτη μειοψηφία Συμβούλων, κατά τους οποίους ο πρύτανης και οι αντιπρυτάνεις συμμετέχουν στη συγκρότηση των συλλογικών οργάνων των ΑΕΙ, που λαμβάνουν αποφάσεις για την εκτέλεση της εκπαιδευτικές αποστολής των πανεπιστημίων, άρα δεν είναι δυνατόν η ανάδειξη των πρυτανικών αρχών να γίνεται και από μέλη του διοικητικού προσωπικού, το οποίο μόνον διοικητικά και επιβοηθητικά του κυρίου ρόλου των ΑΕΙ καθήκοντα έχουν. Εξάλλου, κατά την άποψη της μειοψηφίας, η ευρύτερη νομιμοποίηση των εκλεγομένων δεν αποτελεί συνταγματικώς θεμιτό κριτήριο, όταν επιτυγχάνεται με τη συμμετοχή προσώπων εκτός του κύκλου των εκπαιδευτών και των εκπαιδευομένων.