Το Συμβούλιο της Επικρατείας με την υπ αριθμ. 1028/2003 απόφασή του, υπό σύνθεση Ολομέλειας, ανέβαλε την οριστική κρίση του επί αιτήσεως αναστολής που αφορά την κατασκευή του νέου Μουσείου Ακροπόλεως, προκειμένου το υπουργείο Πολιτισμού, μέσα σε έξι μέρες, να του διαβιβάσει συγκεκριμένα στοιχεία και στην συνέχεια να αποφανθεί οριστικά επί της αιτήσεως.
Στο ΣτΕ έχει προσφύγει ο εκπρόσωπος του Διεθνούς Συμβουλίου Μνημείων και Τοποθεσιών και κάτοικοι της περιοχής Μακρυγιάννη και ζητούν να ακυρωθεί και να ανασταλεί η απόφαση του υπουργού Πολιτισμού, με την οποία εγκρίθηκαν οι νέες μελέτες ανέγερσης του νέου Μουσείου Ακροπόλεως.
Συγκεκριμένα, το ΣτΕ ζητάει από το υπουργείο Πολιτισμού, προκειμένου να εκτιμήσει τον κίνδυνο βλάβης των αρχαιοτήτων, να το πληροφορήσει : α) εάν έχει εκδοθεί οικοδομική άδεια, β) εάν έχει αναδειχθεί και εγκατασταθεί εργολάβος, γ) πότε προβλέπεται χρονικά η έναρξη τοποθέτησης των πασσάλων και των υποστυλωμάτων στην κόκκινη ζώνη, όπου υπάρχουν αρχαιολογικά ευρήματα.