Σύμφωνα με την ΕΥΡΩΠΑΪΚΗ Επιτροπή η ελληνικής νομοθεσία επιτρέπει στις διοικήσεις των λιμένων να εισπράττουν χαμηλότερο ύψος λιμενικών τελών στα επιβατηγά πλοία συμπεριλαμβανομένων και των κρουαζιερόπλοιων, για δρομολόγια που εκτελούνται στον ελληνικό χώρο συγκριτικά με τα πλοία που έχουν προορισμό λιμάνι του εξωτερικού.
Στο «στόχαστρο» της Ευρωπαϊκής Επιτροπής βρίσκεται η τιμολογιακή πολιτική που εφαρμόζουν οι 12 Οργανισμοί Λιμένων Α.Ε. Πιο συγκεκριμένα η Επιτροπή των Ευρωπαϊκών Κοινοτήτων, άσκησε στο Δικαστήριο των Ευρωπαϊκών Κοινοτήτων προσφυγή κατά της Ελληνικής Δημοκρατίας ζητώντας να αναγνωριστεί ότι:
-Η Ελληνική Δημοκρατία διατηρώντας σε ισχύ, τα λιμενικά τέλη που επιβάλλονται σε επιβατηγά πλοία – συμπεριλαμβανομένων και των κρουαζιερόπλοιων – και σε φορτηγά πλοία κατά την προσόρμιση, την παραβολή και την αγκυροβόληση των πλοίων στους λιμένες του Πειραιά και της Θεσσαλονίκης, εφαρμόζοντας χαμηλότερο ύψος τελών όταν οι μεταφορές εκτελούνται μεταξύ δύο λιμένων στο εσωτερικό της χώρας, σε σύγκριση με τις περιπτώσεις που οι μεταφορές έχουν προορισμό το εξωτερικό.
– Τα λιμενικά τέλη υπέρ των λιμενικών ταμείων των Οργανισμών Λιμένος Α.Ε. που συστάθηκαν με τον Νόμο 2932/2001 και των λιμένων του Πειραιά και της Θεσσαλονίκης, με τα οποία επιβαρύνονται τα οχήματα κατά την επιβίβασή τους σε πορθμεία που πραγματοποιούν διεθνείς διασυνδέσεις, τη στιγμή που δεν εισπράττονται ανάλογα τέλη για τις διασυνδέσεις μεταξύ των ελληνικών λιμένων.
– Το δικαίωμα επιβολής τελών στα οχήματα τα οποία επιβιβάζονται σε οχηματαγωγά πλοία με προορισμό λιμένες στο εσωτερικό της χώρας υπέρ δήμων και κοινοτήτων.
